Darwinist teoriyi bilimsel bulgular karşısında sorgularken başvurulması gereken en temel kaynaklardan biri, kuşkusuz Darwin'in kendi koyduğu kıstaslardır. Darwin, teorisini ortaya atarken, bu teorinin nasıl yanlışlanabileceğine dair birtakım somut ölçüler de belirlemiştir. Türlerin Kökeni adlı kitabının pek çok bölümünde "eğer teorim doğruysa" diye başlayan pasajlar yer alır ve Darwin bu pasajlarda teorisinin gerektirdiği bulguları tarif eder. Darwin'in bu sözlerinden biri şöyledir:

Eğer birbirini takip eden çok sayıda küçük değişiklikle kompleks bir organın oluşmasının imkansız olduğu gösterilse, teorim kesinlikle yıkılmış olacaktır. Ama ben böyle bir organ göremiyorum.242

İnsan gözü, yaklaşık 40 ayrı parçanın uyum içinde çalışmasıyla işlev görür. Bunların birisi olmasa, göz hiçbir işe yaramaz. Bu 40 ayrı parçanın her biri, ayrı ayrı kompleks bir yaratılışa sahiptir. Evrim teorisi, bu denli kompleks bir organın nasıl oluştuğu sorusuna cevap verememektedir.

Darwinizm canlıların kökenini iki bilinçsiz doğa mekanizması ile açıklamaktadır: Doğal seleksiyon ve rastlantısal değişiklikler (mutasyonlar). Darwinist teoriye göre bu iki mekanizma, canlı hücresinin kompleks yapısını, kompleks canlıların vücut sistemlerini, gözleri, kulakları, kanatları, akciğerleri, yarasaların sonarını ve daha milyonlarca karmaşık tasarımlı sistemi meydana getirmiştir.

Ancak son derece kompleks yapılara sahip olan bu sistemlerin iki bilinçsiz doğal etkenin ürünü sayılması, hem bilim dışı hem de akıl ve mantığa aykırı bir iddiadır. İşte bu noktada Darwinizm'in başvurduğu kavram, "indirgenebilirlik" kavramıdır. Söz konusu sistemlerin çok daha basit hale indirgenebilecekleri ve sonra da kademe kademe gelişmiş olabilecekleri iddia edilir. Her kademe, canlıya biraz daha avantaj sağlayacak, böylece doğal seleksiyon vasıtasıyla seçilecektir. Daha sonra tesadüfen küçük bir gelişme daha olacak, bu da avantaj sağlayıp seçilecek ve bu süreç devam edecektir. Bu sayede, Darwinizm'in iddiasına göre, önceden gözü olmayan bir canlı türü kusursuz bir göze sahip olacak, önceden uçamayan bir başka tür de kanatlanıp uçar hale gelecektir.

Bu hikaye evrimci kaynaklarda çok ikna edici ve makul bir hikaye gibi anlatılır. Oysa biraz detayına inildiğinde, ortada çok büyük bir yanılgı olduğu görülmektedir. Bu yanılgının birinci yönü, mutasyonların geliştirici değil, tahrip edici bir mekanizma oluşudur. Yani canlılara isabet edecek rastlantısal mutasyonların bu canlılara "avantaj" sağlamaları, hem de bunu binlerce kez üst üste yapmaları, tüm bilimsel gözlemlere aykırı bir hayaldir.

Ancak yanılgının çok önemli bir yönü daha vardır. Dikkat edilirse Darwinist teori, bir noktadan bir başka noktaya (örneğin kanatsız canlıdan kanatlı canlıya) doğru giden aşamaların hepsinin tek tek "avantajlı" olmasını gerektirmektedir. A'dan Z'ye doğru gidecek bir evrim sürecinde B, C, D... U, Ü, V ve Y gibi tüm "ara" kademelerin canlıya mutlaka avantaj sağlaması gerekmektedir. Doğal seleksiyon ve mutasyonun bilinçli bir şekilde önceden hedef belirlemeleri mümkün olmadığına göre, tüm teori canlı sistemlerinin avantajlı küçük kademelere "indirgenebileceği" varsayımına dayanmaktadır.

İşte Darwin bu nedenle, "eğer birbirini takip eden çok sayıda küçük değişiklikle kompleks bir organın oluşmasının imkansız olduğu gösterilse, teorim kesinlikle yıkılmış olacaktır" demiştir.

Darwin, 19. yüzyılın ilkel bilim düzeyi içinde canlıların indirgenebilir bir yapıda olduklarını düşünmüş olabilir. Ancak 20. yüzyılın bilimsel bulguları, gerçekte canlılardaki pek çok sistem ve organın basite indirgenemez olduklarını ortaya koymuş durumdadır. "İndirgenemez komplekslik" adı verilen bu olgu, Darwinizm'i tam da Darwin'in endişe ettiği gibi "kesinlikle" yıkmaktadır.

İnsan gözü daha basite indirgenemez yapısıyla bu tür sistemlere çok net bir örnektir. Çünkü göz, tüm detayları ve parçalarıyla birlikte var olmadığı sürece işlev görmez. Bu tür bir kompleks yapıyı meydana getiren bilincin, geleceği önceden hesaplayarak sadece en son aşamada elde edilecek olan faydayı amaçlaması gerekir. Evrim mekanizmalarının ise böyle bir bilinç ve irade ile kompleks organlar ortaya çıkarmaları kesinlikle mümkün değildir.

242 Charles Darwin, The Origin of Species: A Facsimile of the First Edition, Harvard University Press, 1964, s.189