Farklı canlı türleri arasındaki yapısal benzerlikler biyolojide "homoloji" olarak adlandırılır. Evrimciler bu benzerlikleri evrime delil gibi göstermeye çalışırlar. Farklı canlılardaki benzer görünümlü (homolog) organları öne sürerek, bu canlıların ortak bir atadan geldiklerini savunurlar. (bkz. Homolog organ) Fakat evrimcilerin homoloji ile ilgili iddialarının ciddi sayılabilmesi için benzer (homolog) organların, benzer (homolog) DNA şifreleri tarafından kodlanmış olması gerekir. Oysa bu benzer organlar, çoğunlukla çok farklı genetik kodlar (DNA şifreleri) tarafından belirlenmektedir. Bunun yanı sıra, farklı canlıların DNA'larındaki benzer genetik kodlar da, çok farklı organlara karşılık gelmektedirler.

Avustralyalı biyokimya profesörü Michael Denton, Evolution: A Theory in Crisis (Evrim: Kriz İçinde Bir Teori) isimli kitabında homolojinin evrimci yorumunun genetik açmazını şöyle belirtmektedir:

Moleküler düzeyde hiçbir organizma bir diğerinin "atası" değildir, diğerinden daha "ilkel" ya da "gelişmiş" de değildir.

Homolojinin evrimci temeli, belki de en ciddi olarak, görünürde benzer olan yapıların, farklı türlerde bütünüyle farklı genler tarafından belirlendiği anlaşıldığında çökmüştür.217

Ayrıca, yine söz konusu iddianın ciddi sayılabilmesi için bu benzer yapıların embriyolojik gelişim süreçlerinin, yani yumurtadaki ya da anne karnındaki gelişim aşamalarının da birbirlerine paralel olması gerekir. Oysa benzer organlar için bu embriyolojik süreç her canlıda birbirinden farklıdır.

Genetik ve embriyolojik araştırmalar, Darwin'in "canlıların ortak bir atadan evrimleştiklerinin delili" şeklinde tarif ettiği homoloji kavramının, gerçekte hiçbir şekilde bu tarife delil oluşturmadığını göstermiştir. Bu şekilde bilim, Darwinist tezlerden birinin daha gerçek dışı olduğunu ortaya koymuş bulunmaktadır.

Evrimcilerin sadece organlar düzeyinde değil, moleküler düzeyde öne sürdükleri homoloji iddiası da geçersizdir. (bkz. Moleküler homoloji tezi) Birbirine çok benzer ve yakın gibi görünen canlılar arasında dev moleküler farklılıklar vardır. Prof. Michael Denton bu konu ile ilgili şu yorumu yapar:

Moleküler düzeyde, her canlı sınıfı özgün, farklı ve diğerleriyle bağlantısızdır. Dolayısıyla moleküller, aynı fosiller gibi, evrimci biyoloji tarafından uzun zamandır aranan teorik ara geçişlerin olmadığını göstermiştir... Moleküler düzeyde hiçbir organizma bir diğerinin "atası" değildir, diğerinden daha "ilkel" ya da "gelişmiş" de değildir... Eğer bu moleküler kanıtlar bundan bir asır önce var olsaydı... organik evrim düşüncesi hiçbir zaman kabul görmeyebilirdi.218

217 Michael Denton, Evolution: A Theory in Crisis, London, Burnett Books, 1985, s.145
218 Michael Denton. Evolution: A Theory in Crisis, London: Burnett Books, 1985, ss.290-291