Evrimcileri en çok çıkmaza sokan konulardan biri de canlılardaki son derece kompleks yapıya sahip organların kökenidir. Evrimciler ortak kompleks organlara sahip fakat sözde ortak atalara sahip olmayan canlıların birbirinden bağlantısız olarak evrim geçirdiğini iddia ederler.

Evrimcilere göre bu canlılar aynı evrim süreçlerinden birbirlerine paralel olarak geçmişlerdir ve nasıl bir tesadüf gerçekleşmişse birebir benzer organlara sahip olmuşlardır. Bu konuda bir örnek verecek olursak böceklerde, mürekkep balıklarında ve omurgalılarda ki göz yapısı birbirleriyle tıpatıp benzer ancak bu canlılar arasında hiçbir şekilde evrimsel bağ kurulmaya çalışılmaz. Bu durumda evrimciler de bu organların kökenini açıklamak için paralel evrimin olduğunu iddia etmek zorunda kalırlar. Ancak bu evrimciler için oldukça sıkıntılı bir durumdur çünkü bu tip gelişmiş organların bir defada ortaya çıktıklarını izah etmek yeteri kadar problem teşkil ederken, ayrı ayrı nasıl meydana geldiklerini açıklamaları imkansızdır.

Kısacası paralel evrimin diğer evrim çeşitlerinden tek farkı, gerçekleşmesi için daha çok tesadüfe ihtiyaç duyulmasıdır. Bu da bize, evrimin canlılardaki kusursuz yapılar ortaya çıktıkça, bilimsellikten uzaklaştığını göstermektedir.